En el año 1820 se enfrenta a Agustín de Iturbide, quien le invitó a unirse en la lucha por la liberación. Aceptó el Plan de Iguala (1821) y pasó a luchar a las órdenes de Iturbide. Conseguida la independencia, se sublevó en 1822 contra Iturbide, proclamado emperador constitucional. Formó parte de la Junta provisional y ocupó la presidencia (1829) gracias al levantamiento de los liberales. Se opuso al intento de reconquista de Barradas en nombre de España, rechazó el ofrecimiento de Poinsett de comprar Texas, y defendió el federalismo. 
Guerrero, a pesar de contar con muy pocas tropas, continuó manteniendo su foco de insurrección junto a Pedro Ascencio en la zona montañosa del estado que hoy lleva su nombre, Guerrero. Después de haber sido atacado por el ejército realista al mando de Agustín de Iturbide, que en varios encuentros no pudo derrotarlo, Iturbide le propuso declarar conjuntamente la separación de España. Guerrero acepta y su acuerdo se sella con el llamado abrazo de Acatempan el 10 de febrero de 1821. Para el 24 de febrero se promulga el Plan de Iguala con el cual se unen los ejércitos (insurgente y realista) formando así el ejército de las tres garantías o Ejército Trigarante. Finalmente, el 27 de septiembre de 1821, el Ejército Trigarante entra a la Ciudad de México desde diferentes rumbos, formando una columna al frente de la cual iba Agustín de Iturbide, terminando así la guerra de Independencia de México.